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转录组到差异基因功能验证一条龙服务

发布日期:2021-12-16 浏览次数:965

       RNA-seq是现如今科研界使用最为广泛的高通量测序技术之一,能够从整体水平挖掘物种功能基因、探究基因结构,挖掘疾病分子机理等方面。早期转录组发文章相当容易,但目前想要再发高影响因子的文章,就必须要更加重视实验方案的设计以及后续功能验证试验了。集思慧远掌握“转录组到差异基因功能验证一条龙服务”密匙,为各位老师扩宽研究思路,助力文章发表。


       纵观近年来转录组高分文章,实验方案设计、研究方向有所不同,但核心研究思路是相似的,主要分为两大类:一类是转录组测序+分子实验验证,这也是组学研究的经典套路;另一类是多组学贯穿分析,例如转录组+蛋白组、转录组+代谢组、转录组+表观组以及转录+蛋白+代谢等,通过多层组学整合实验与分析,挖掘表型相关数据,贯穿分子机制,解析更加透彻。


客户经典案例一


Molecular mechanisms of mesocotyl elongation induced by brassinosteroid in maize under deep-seeding stress by RNA-sequencing, microstructure observation, and physiological metabolism.

基于RNA测序、微观结构观察和生理代谢研究油菜素内酯诱导深层胁迫下玉米中胚轴伸长的分子机制.

【发表期刊】Genomics(IF=5.736)


       从表型上看,两种玉米的中胚轴长度在20 cm种植深度和EBR存在下均显著增加。甲苯胺蓝染色后用显微镜观察发现,中胚轴在深播胁迫下经历了程序性细胞死亡(PCD),而EBR可以缓解这种情况。基于上述结果和以往的研究,构建了玉米中胚轴伸长响应深层胁迫的分子网络。当玉米中胚轴在20 cm播种深度下用外源EBR处理时,会触发相关的信号转导途径,如细胞壁成分、木质素的生物合成、植物激素(如AUX、ET、BR、CTK、ZT、ABA、GA、JA、SA)的生物合成和信号传导,以及PCD。这些通路继续激活二级和三级调节网络,包括TFs(ARF、BZR1/2、B-ARR、A-ARR、MYC2、ABF、TGA、MYB和NAC),然后激活/抑制下游一些重要基因的表达,此外一些代谢物的合成改变了玉米中胚轴的生理特征。这些发现提供了玉米深播耐性的分子机制信息,将有助于深播玉米品种的育种。



       文章从转录组测序入手,开展深播胁迫下转录介导玉米中胚轴伸长的认识,关注相关代谢通路及关键调控因子,高效液相色谱法(HPLC)靶向测定植物激素,以及生理酶活(超氧化物歧化酶(SOD)、POD、CAT和抗坏血酸过氧化物酶(APX))检测,当然少不了挑选差异基因进行荧光定量验证,更有不同方案研究让数据充分利用!再连发两文!!指路:客户文章三连发|转录组研究油菜素内酯诱导下玉米种子对深层胁迫的耐受机制


客户经典案例二


The Arabidopsis kinase-associated protein phosphatase KAPP, interacting with protein kinases SnRK2.2/2.3/2.6, negatively regulates abscisic acid signaling.

拟南芥激酶相关蛋白磷酸酶KAPP与蛋白激酶SnRK2.2 / 2.3 / 2.6相互作用,负调控脱落酸信号

【发表期刊】Plant Molecular Biology(IF=3.302)


       激酶相关蛋白磷酸酶(KAPP)参与植物生长发育调节和信号传导,但其是否参与ABA信号途径尚不明确。本文研究发现KAPP与拟南芥中ABA介导的种子萌发和幼苗早期生长负相关。拟南芥两个KAPP功能突变体kapp-1和kapp-2,在ABA诱导的种子萌发抑制和萌发后生长停滞中,表现出更高的ABA敏感性。3个ABA信号途径的关键蛋白激酶SnRK2.2,SnRK2.3和SnRK2.6,与KAPP共定位并相互作用。遗传证据显示SnRK2.2和SnRK2.3的双突变可以抑制KAPP突变体的ABA超敏现象,表明在ABA信号途径中,KAPP作用于SnRK2.2和SnRK2.3的上游。转录组测序分析表明,KAPP突变体影响多个ABA响应基因的表达。这些结果表明KAPP负调控植物的ABA响应,并为了解复杂的ABA信号机制提供帮助。



       文章运用了大量的分子实验,突变体+胁迫处理+表型鉴定+转基因+GUS染色+荧光素酶互补实验+GST-pull-down+酵母双杂+亚细胞定位+基因敲除+荧光定量验证。而转录组研究在整篇文章中起到了承上的作用,基于前期分子实验探索表型响应,借助转录组技术进一步支持基因调控背后的分子机制。


       RNA-seq俨然已经成为了分子生物学课题组推进项目的首选方向,对于课题研究方向或新发现,借助转录组技术展开详细研究,最终利用分子实验深入验证,或者反之。


       常规转录组测序+表达验证实验一般可以发到3分左右的文章,做到功能验证实验一般可以发到5分左右的文章,做到功能回复、循环验证、多组学、多数据联合分析就可以向7分以上发起挑战。多维度、网络化的数据分析已成为科学发现的新热点、新趋势。对于1区的主要核心期刊,更是要求必须有功能验证实验做补充。


       目前集思慧远已经完成转录组测序服务链的闭环(全国范围屈指可数),从上游样本的采集处理到下游基因功能验证、生理生化指标测定等,满足了广大客户对一站式完成实验方案的需求,免去来回送样、检测、整合数据结果等繁琐步骤,可以腾出更多精力出来。目前集思慧远已开展转录组测序相关服务业务如下:



       集思慧远自有品牌核酸提取试剂盒及各类理化检测试剂盒,效果非常的好;表达验证实验是下游分子实验最常用的,可以做像qPCR和Northern blot等;功能验证实验可以做像目的基因过表达、RNA干扰、免疫印迹、酵母双杂、亚细胞定位等;生理生化指标的检测往往能起到画龙点睛和锦上添花的作用。生理生化活动是生命体基本的过程,通过测定动植物和微生物的生理生化指标来反映其生命活动规律,揭示生命现象的本质,认识生物体的物质代谢、能量转化和生长发育等规律,以及生物体内外环境条件对其生命活动的影响。集思慧远目前具有最全的生理生化指标检测技术,采用国标认可的方法进行样品前处理操作与检测,可检测样本范围包括:植物、动物、土壤、水体、食品等,指标种类全面广泛,欢迎咨询:


       如果您想发更高分的转录组文章,如果您想寻求一家专业的转录组测序分析公司进行合作,集思慧远“转录组到差异基因功能验证一条龙服务”给您的科研加点料!欢迎咨询!


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