2021年12月份果树研究高分文献汇总

2021年12月份，国内外研究学者先后在Plant Journal、Journal of Agricultural and Food Chemistry、Plant Biotechnology Journal、Plant Physiology、Nature Communications等高分期刊上发表多篇果树研究相关的文献，小编特挑选其中有代表性的4篇文章进行详细介绍，共大家学习研究。

2021年12月份果树高分文献汇总

01文献1：梨和苹果的比较转录组分析为果实形状研究提供了新见解

文章题目：Comparative transcriptomic analysis of apple and peach fruits: insights into fruit type specification

发表期刊：the Plant Journal

影响因子：6.485

组学思路：比较转录组

研究结果：

果实代表了被子植物的关键进化创新，并表现出适合种子传播的多种类型。然而，水果类型多样性背后的机制尚不清楚。蔷薇科包括许多不同的果实类型，包括“梨果”和“核果”果实，因此是研究果实类型遗传基础的理想材料。通过比较转录组学分析，研究者研究了与梨果（苹果）和核果（桃）肉质果实发育相关的分子事件，重点关注果实萌生的最早阶段。研究者鉴定了 PI 和 TM6、MADS 基因家族，其表达与果肉形成组织呈负相关，而与果实类型无关。此外，MADS box 基因 FBP9 在两个物种的果实形成组织中都有表达，并且在包括拟南芥在内的干果实形成双子叶植物的基因组中多次丢失。网络共表达分析揭示了苹果和桃中 FBP9 和光合作用基因的共表达，表明 FBP9 和光合作用可能都促进了肉质果实的发育。梨果和核果果实发育早期阶段的大型转录组数据集为果实比较研究提供了丰富的资源，为果实形状研究提供了新见解。

02文献2：转录因子MdMYB94和启动子MdGH3.6 结合在苹果抗干旱方面起负调控作用

文章题目：MdGH3.6 is targeted by MdMYB94 and plays a negative role in apple water-deficit stress tolerance

发表期刊：the Plant Journal

影响因子：6.485

组学思路：转录组+基因过表达、基因敲除验证

研究结果：

干旱严重限制了苹果果实的产量和质量。解码与干旱胁迫耐受性相关的关键基因对于培育抗旱性品种具有重要作用。本研究中，研究者确定了 GRETCHEN HAGEN3.6 (GH3.6)，一种吲哚-3-乙酸 (IAA) 结合酶，是苹果缺水胁迫耐受性的负调节剂。过表达 MdGH3.6 会降低 IAA 含量、不定根数、根长度和缺水胁迫耐受性，而敲除 MdGH3.6 及其近旁同源物会增加 IAA 含量、不定根数、根长度和缺水胁迫耐受性。而且，MdGH3.6 在缺水胁迫下负调节蜡生物合成基因的表达，从而负调节表皮蜡含量。此外，MdGH3.6 负向调节活性氧清除剂，包括参与苯丙烷和类黄酮途径的抗氧化酶和代谢物，以响应缺水压力。进一步的研究表明，转录因子 AtMYB94 的同源物，而不是 AtMYB96，可以与 MdGH3.6 启动子结合，并在苹果缺水胁迫条件下负调控其表达。总之，本研究确定了改善果树抗旱性的候选基因，为果树抗旱性研究提供了新见解。

03文献3：MYB1甲基化在 “美甲指”葡萄果皮颜色调控方面起重要作用

文章题目：Methylation of MYBA1 is Associated with the Coloration in “Manicure Finger” Grape Skin

发表期刊：Journal of Agricultural and Food Chemistry

影响因子：5.27

组学思路：转录组+代谢组+甲基化+酵母双杂交验证

研究结果：

      美人指葡萄因其独特的颜色和形状被称为“西施葡萄”，其果实基部颜色较淡，尖端呈现紫红色，其颜色差异的遗传基础仍然未知。本研究中，研究者首先证实了花青素含量不同是美人指葡萄不同部位存在颜色差异的主要原因，且上部表皮的花青素浓度和花青素相关基因的表达水平明显高于下部表皮。DFR、UFGT和GST基因的表达水平与花青素含量显着相关。两个 VvUFGT 等位基因的启动子可以被 VvMYBA1 激活，这已通过酵母单杂交试验、双荧光素酶报告基因试验和电泳迁移率变化试验验证。此外，上果皮中VvMYBA1启动子（-1488至-1083 bp）的甲基化水平显着低于基底皮，并与花青素含量呈正相关，这表明 VvMYBA1 启动子的甲基化水平在调节葡萄皮着色中起着至关重要的作用。总之，本研究通过多组学的方式解析了“美人指”葡萄果皮颜色差异的遗传基础，为葡萄新品种选育提供了新见解。

04文献4：多组学分析揭示了温度敏感型半矮化桃树树型和花型形成的分子机制

文章题目：De novo chromosome-level genome of a semi-dwarf cultivar of Prunus persica identifies the aquaporin PpTIP2 as responsible for temperature-sensitive semi-dwarf trait and PpB3-1 for flower type and size

发表期刊：Plant Biotechnology Journal

影响因子：9.80

组学思路：基因组+转录组+GWAS

研究结果：

桃(Prunus persica)是世界上最重要的果树之一，但其栽培可能因树的大小而受阻。“中油桃14”(CN14)是一种温度敏感型半矮秆品种(TSSD)。通过PacBio和Hi-C测序，研究者构建了染色体水平的CN14基因组，其基因组大小为228.82 Mb，Contig N50=6.86 Mb。利用86个重新测序的F1个体和334份之前重测序的材料，确定了控制TSSD和花型大小的候选基因。PpTIP2是控制TSSD的一个强有力的候选基因。PpTIP2上游调控区序列的变化与不同温度下不同的转录活性相关。PpB3-1是花型(SH)和花大小的候选基因，对花瓣发育有促进作用。通过GWAS分析，确定了12个农艺性状相关的候选基因。除肉质结构和肉质粘连外，大多数位点表现出一致和精确的关联信号。PpMYB25外显子3的一个6015bp插入位点和上游26bp的插入位点与果实无毛相关。除CN14的F-M位点存在70.5 kb的空白外，在桃种质中还发现了两个新的等位基因。本研究不仅有助于桃基因组研究和农艺育种研究，而且为桃泛基因组研究奠定了基础。