RNA-seq揭示“梨”果实驯化和改良

前期研究文献报道的与果实大小、含糖量、石细胞相关的QTL位点，以及选择清除区域挑选的差异基因在染色体上分布有大量的重叠。98个差异基因与28个QTLs重合。

8个与三种性状相关QTL重叠，在野生和地方种中进行RT-PCR分析，表达趋势与RNA-seq相似。

研究亮点

1、转录水平针对野生，地方，改良种的梨进行群体结构和遗传进化分析，强调了不同组群材料的基因表达模式的差异，分别利用基因表达量和SNP信息对三个组群进行分析，得到相似分离结果。野生和改良种能区分开，而地方种与两组之间均有交叉且野生和地方种之间遗传背景更为相近。

2、选择性清除分析区域内基因功能注释，差异表达分析与果实大小，石细胞，含糖量等多种性状相关。并且与已报到的定位区间存在高度重叠，针对8对差异表达的候选基因进行定量验证。

3、针对挑选的代表性野生种和地方种进行基因的动态表达分析及共表达模块分析鉴定到6个表达模块与果实的不同性状相关。

4、针对石细胞和果实大小发育代谢通路进行描述，并挑选通路中的候选基因进行定量验证。