萝卜超高密度遗传图揭示基因组重组事件及共线性关系

构建了包含378738个SNP，2852个bin的萝卜超高密度遗传图，binmarker平均长度120.91kb，偏分离bin（335，p<0.005；270，p<0.001）

2、萝卜重要园艺性状QTL定位

10种性状共鉴定到17个QTLs，其中7个和已报到的QTL定位在相同连锁群，平均定位区间168K。

利用BSA策略，对萝卜皮色基因进行定位分析，在7号染色体的9-11.6Mb区间定位到与皮色相关位点R locus。定位区间挑选34对indel标记在双亲和混池中验证多态，其中10对是多态标记，在40个F2单株中将R locus锁定在indel标记NRSID4—NRSID11，进一步利用包含145株F2的群体将R基因缩小到NRSID8—NRSID11（74kb）。

72kb区间内存在14个基因，其中Rs388430是一种R2R3-MYB家族转录因子，与拟南芥的AtMYB90/PAP2（调控花青素生物合成）是同源基因。

Rs388430在播种后20天-40天的两亲本之间均表现为现在差异表达，在不同材料中也表现为红色萝卜中有表达，白色中几乎没有表达。

3、萝卜遗传图与芸薹属物种基因组共线性分析

所有的binmarker均比对到基因组上，对应80.7%基因组范围。遗传图和基因组之间具有较高的共线性，1,2,3,4连锁群与基因组之间存在部分区域的倒位。

a/b.萝卜遗传图与甘蓝基因组共线性分析；C/D.萝卜遗传图与芜菁基因组共线性分析；（与芸薹属物种相比从共同祖先进化而来过程中发生了大量基因组重排）

4、萝卜重组事件分析

萝卜全基因组重组频率为3.8cM/Mb，端粒区域重组频率最高，近着丝粒去重组受到抑制。每条染色体重组事件与染色体物理长度没有显著相关性。共鉴定到504个重组热点区（RHRs），在9条染色体上分布不均匀（6.1-850kb），5号染色体RHR最多，2,3染色体最少。6号染色体最高的重组区域（39.97 cM/Mb），重组热点和GC含量、SNP密度、基因密度均表现为正相关。b.和随机区域相比重组热点区域和基因区（外显子，内含子，UTR，TSS，TTS）overlap更多。c.RHR与外显子overlap>内含子，在超过5个外显子的基因中第一个外显子的重组率高于最后一个外显子。d.随机区域和重组热点区，重组频率均是在近TSS，TTS高于其他转录区。

参考文献

An ultra-high density genetic map provides insights into genome synteny, recombination landscape and taproot skin color in radish (Raphanus sativus L.).Plant Biotechnology Journal.2019