叶绿体基因组必看——kaks批量计算
发布日期：2022-06-01 浏览次数：6200
叶绿体基因组必看——kaks批量计算
非同义突变/同义突变（ka/ks）是细胞器基因组分析中常见的分析，这个比值可以判断是否有选择压力作用于这个蛋白质编码基因。
不导致氨基酸改变的核苷酸变异我们称为同义突变，反之则称为非同义突变。一般认为，同义突变不受自然选择，而非同义突变则受到自然选择作用。在进化分析中，了解同义突变和非同义突变发生的速率是有意义的：如果Ka/Ks>1，则认为有正选择效应。如果Ka /Ks=1，则认为存在中性选择。如果Ka/Ks<1，则认为有纯化选择作用。
在细胞器基因组中，对每个基因对进行kaks计算是一件比较耗费时间的工程，今天给大家分享下一种非常简单的方法来计算kaks的值，输入文件均为genbank格式的文件。
首先，打开集思慧远的云平台（http://cloud.genepioneer.com:9929），登录后选择工具中心：
然后选择细胞器分析中的“细胞器基因组-kaks计算”：
接着选择一个作为参考序列的genbank文件，其他的序列将分别和参考相比，选择密码子表（叶绿体选择11，植物线粒体选择1，无脊椎动物线粒体选择5，脊椎动物线粒体选择2）、kaks计算模型。如果有较多的NCBI上的序列需要比对，可以把这些登录号写到文本文件中，一行一个登录号，或者选择直接输入genbank文件。
最后，选择收费方式，点击运行即可。
运行时间约为半分钟，即可得到结果。
点击下载结果，即可得到所有的文件。
其中paired_cds、paired_pep、aligned_cds、aligned_cds包含了提取的原始基因序列和对应的蛋白序列、以及各自对齐后的序列。KaKs_Calculator中包含了每个基因对计算的结果。文件名对应的文件夹中包含的是从该文件中提取的基因序列和蛋白序列。pep.blast文件是蛋白之间同源比对的结果。
这样我们就获取到了每个基因对之间的kaks了，是不是很容易呢~
