BMC Genomic|二区4分+期刊收录的基因家族文章写作思路分享
发布日期：2022-08-10 浏览次数：10355
今天给大家介绍一本收录基因家族文章非常多的4分+SCI期刊-BMC Genomic，目前是中科院二区，非常喜欢接收生信文章。
最新的记录来看，BMC Genomics的2022年的影响因子是4.5471，影响因子连年上涨，发文量也比较可观，国人发文占比较大，感兴趣的粉丝可以尝试投稿。
下面给大家解读两篇2022年在BMC Genomic发表的基因家族文章，看看别人的基因家族文章都分析了哪些内容吧！
案例分析1
标题：苦荞麦MAPK基因家族鉴定及其在发育和应激反应中的表达
发表时间：2022年2月3日
文章策略：基因家族分析+转录组+qRT-PCR+瞬时转化+生理指标检测
文章背景
丝裂原活化蛋白激酶（MAPKs）在植物的发育、激素调节和非生物胁迫反应中发挥着重要作用。然而迄今为止，尚未对苦荞中的 MAPK 家族成员进行全面研究。
常规化分
析文章在苦荞麦基因组中鉴定了16个FtMAPK。系统发育分析将其分为A、B、C和D组，其中A、B和C组含TEY基序，D组含TDY基序，发现含有TDY基序的家族成员显著扩张。启动子分析显示，大部分FtMAPks含有光反应元件、激素反应元件和非生物胁迫反应元件，表明FtMAPK在植物生长发育、应激反应和激素信号通路中的潜在作用。苦荞的染色体上存在三对节段重复，仅存在于1号和8号染色体上，推测FtMAPK的进化程度在物种内相对保守。物种间共线性分析表明，苦荞与大豆的同源基因最多，其次是葡萄、番茄、拟南芥，这对于探索物种间的关系和预测基因功能具有重要意义。
个性化分析
蛋白互作预测表明，MAPKs可以与参与发育和抗逆性的蛋白质相互作用。相关性分析进一步证实了大部分FtMAPK基因和参与应激反应的转录因子具有相同的表达模式，推测大多数FtMAPK参与了应激反应。
验证性实验
组织特异性表达分析表明，所有FtMAPK基因的表达在根、茎、叶和花中差异很大。不同应激和激素处理下FtMAPK基因的表达显著变化，表明其参与了非生物胁迫的响应。其中FtMAPK1的瞬时转化显着提高了苦荞叶片的抗氧化酶活性和应激相关基因的表达来增强苦荞的抗逆性。
小编点评
本文是一篇非生物胁迫基因家族的经典文章，首先从苦荞基因组种鉴定FtMAPK家族成员，对家族成员进行系统地分析。发现MAPK启动子包括与应激相关的顺式作用元件，表明其可能在发育和应激反应中发挥作用。通过蛋白互作网络预测以及相关性分析再次说明大多数FtMAPK参与了应激反应。最后挑选出胁迫后表达量显著上升的MAPK1基因，进行瞬时表达后盐胁迫处理，结果表明FtMAPK1通过增加抗氧化酶的活性和应激相关基因的表达来增强苦荞的抗逆性。从上游的生信预测到下游的验证性实验环环相扣，实验也不复杂，非常具有参考性。
文章链接：https://doi.org/10.1186/s12864-022-08293-2
案例分析2
标题：毛竹DoG基因家族的全基因组鉴定和表达特征
发表时间：2022年5月10日
文章策略：基因家族分析+转录组+qRT-PCR
文章背景
发芽延迟DoG ( Delay of Germination1 ) 家族在种子休眠和萌发中起关键的调控作用。然而迄今为止，还没有任何经济价值作物的DoG基因家族的完整基因组概述，包括毛竹 ( Phyllostachys edulis )，也没有研究对其表达谱进行表征。
常规化分析
鉴定到毛竹的DoG家族基因分布在16个染色体上，共有24个成员。发现所有成员都含DoG1结构域，其中23个成员还具有bZIP结构域。根据系统发育关系将PeDoG基因分为三个亚科，而串联重复是PeDoG基因扩张的主要驱动力。顺式作用元件分析显示所有PeDoG家族成员都含有一种或多种防御和应激反应元件。
个性化分析
蛋白质三级结构显示DoG家族的蛋白质序列具有bZIP的结构域，表明PeDoG家族也可被认为是PebZIP家族的一个亚家族。GO和KEGG分析表明，23个PeDoG与植物激素信号转导有关。对不同组织转录组表达量的分析揭示了参与组织和器官发育的PeDoG基因。短时间序列表达分析 (STEM) 表明，PeDoG基因家族也与早期枝条快速生长有关。
验证性实验
PeDoG基因的定量实验表明它们在根和叶中大量表达，并且可以响应赤霉素(GA)的诱导。亚细胞定位预测所有24个PeDOG都位于细胞核内，本实验挑选PeDOG14进行验证，证实其确实为核定位蛋白。
小编点评
本研究对PeDoG基因进行了系统地生物信息学分析，探究DoG家族基因调节种子休眠的机制。由于具有bZIP结构域，表明其可能同TF一样，对植物生长发育具有多重调控作用，包括在ABA调节、GA反应和参与SA途径中的作用。本实验仅对家族成员的表达量进行分析。未来可通过酵母杂交等实验研究DOG和bZIP之间的关系并探索它们在种子休眠和萌发中的潜在功能。
文章链接：https://doi.org/10.1186/s12864-022-08551-3
